Σαν σήμερα στις 11 Αυγούστου του 1999 ο Γρηγόρης Γεωργάτος μεταγράφεται στην Ίντερ από τον Ολυμπιακό, έναντι του ποσού των 2.5 δις δραχμών (7 εκατ ευρώ). Μια κίνηση που τότε αποτέλεσε στη μεγαλύτερη μεταγραφή Έλληνα ποδοσφαιριστή στο εξωτερικό.
Με τη φανέλα της Ιντερ ο Γεωργάτος θα «γράψει» συνολικά 46 συμμετοχές, στις οποίες πέτυχε 4 γκολ και μοίρασε 2 ασίστ.
Την πρώτη του χρονιά στο Καμπιονάτο (1999-2000), υπό τις οδηγίες του Μαρσέλο Λίπι, ήταν βασικός έχοντας 28 συμμετοχές και 2 γκολ με την ομάδα της Ίντερ , όμως την επόμενη περίοδο 2000-2001 επέστρεψε ως δανεικός στον Ολυμπιακό.
Με το τέλος του δανεισμού του επανήλθε στην Ίντερ, δεν κατάφερε όμως να ξαναγίνει βασικός, καθώς ταλαιπωρήθηκε από τραυματισμούς, αγωνιζόμενος σε 12 αγώνες και σκοράροντας μία φορά.
