12 Φεβρουαρίου 1945, υπογράφεται σαν σήμερα η συμφωνία της Βάρκιζας, με την οποία οι εκπρόσωποι του ΕΑΜ δέχονται να διαλυθεί ο ΕΛΑΣ και οι μαχητές του να παραδώσουν τα όπλα τους στη νόμιμη κυβέρνηση του Νικολάου Πλαστήρα.
Ως τις 28 Φεβρουαρίου είχε ολοκληρωθεί ο αφοπλισμός του ΕΛΑΣ. Μερικές μονάδες του, όπως και ο Άρης Βελουχιώτης αρνήθηκαν να δεχτούν τη συμφωνία και κατέφυγαν και πάλι στα βουνά, παρότι ο τελευταίος είχε υπογράψει την αποστράτευση του ΕΛΑΣ. Το ΚΚΕ τους αποκήρυξε αμέσως, αν και το 2011, μόλις 66 χρόνια αργότερα παραδέχθηκε ότι η απόφαση του Βελουχιώτη ήταν σωστή – και τον αποκατέστησε πολιτικά.
Οι παραβιάσεις οδήγησαν σε νέα πολιτική πόλωση και στα δραματικά γεγονότα του εμφυλίου 1946-49.
Ωστόσο, η συμφωνία της Βάρκιζας περιείχε ουσιαστικές αδυναμίες και νομικά κενά, τα οποία σε συνδυασμό με την έλλειψη συνεννόησης ανάμεσα στις δύο πλευρές, τελικά οδήγησαν στην ουσιαστική ακύρωσή της.
Υπήρχε, χαρακτηριστικά, μια σημαντική παράλειψη: ενώ με τη συμφωνία παραχωρούταν αμνηστία στους αντάρτες του ΕΛΑΣ, δε λαμβάνονταν πρόνοια για τα ποινικά αδικήματα που διαπράχθηκαν στην περίοδο των Δεκεμβριανών. Αυτή η παράλειψη θα έχει μοιραίες επιπτώσεις στις πολιτικές εξελίξεις στην Ελλάδα. Μετά την υπογραφή της συνθήκης, ξέσπασε η λεγόμενη «λευκή τρομοκρατία» και κύμα αντεκδικήσεων όχι μόνο εναντίον των κομμουνιστών, αλλά και πολιτών που είχαν ενταχθεί ή συμπαθούσαν το ΕΑΜ. Λόγω της συνθήκης το ΚΚΕ παρέμεινε τυπικά νόμιμο κατά τη διάρκεια του εμφυλίου έως τις 27/12/1947, όταν τέθηκε εκτός νόμου (κάτι που κράτησε ως το 1974). Νωρίτερα, το καλοκαίρι του 1946, με το Γ’ Ψήφισμα, είχε αρχίσει η δίωξη, από το επίσημο κράτος, των αριστερών και φιλοαριστερών πολιτών με έκτακτα στρατοδικεία και εκτελέσεις ενώ κατά τη διάρκεια του εμφυλίου έγιναν εγκλήματα κι από τις δύο πλευρές…
